De sidste fire afsnit af The Clone Wars finder sted på samme tid som Revenge of the Sith, den sidste film i Star Wars prequel-trilogien. Dette inkluderer ordre 66 og Jedi-ordenens fald.
Et ukendt aspekt af Star Wars var, hvordan fanfavoritten Ahsoka Tano overlevede Order 66. De sidste to afsnit af serien viser, hvordan Ahsoka flygtede.
Shattered
I det niende og tiende afsnit af sæsonen lagde Darth Maul en fælde, der havde til hensigt at dræbe Anakin Skywalker, før Darth Sidious kunne vende ham til den mørke side. Anakin havde dog travlt med at redde kansler Palpatine fra General Grievous som afbildet i åbningssekvensen af Revenge of the Sith. Så Ahsoka konfronterede Maul i stedet. Det tiende afsnit slutter med Mauls fange.
Serieshow-runner Dave Filoni fort alte Entertainment Weekly: "Noget, jeg har ønsket at gøre i lang tid, er at få slutningen på Clone Wars til at være denne sammenfaldende historie, der rammer nogle af disse mennesker, der ikke var i filmene er. Fordi jeg tror, det alene er et gyldigt spørgsmål: Hvor var disse fyre? Ahsoka virkede som om hun var vigtig, så blev hun inviteret til at deltage i Sith? Hvor var Rex? Jeg følte, at der skulle et svar, fordi de var, efter så mange episoder og historier, åbenbart en så stor del af Anakin og Obi-Wans liv."
I den ellevte episode, med titlen "Shattered", forsøger Ahsoka at bringe Maul til Coruscant med en klonkommandør ved navn Rex og en bataljon af klontropper. Flere links til Revenge of the Sith forekommer. En scene fra filmen genskabes; i scenen diskuterer Mace Windu og Yoda Palpatine og fjernelse af ham fra embedet efter General Grievous' nederlag med andre Jedi-rådsmedlemmer. Scenen forlænges med en efterfølgende diskussion med Ahsoka.
Mens Ahsoka og Maul stadig rejser i rummet, fornemmer begge Ahsokas tidligere mester faldet. Selve dialogoptagelsen fra Revenge of the Sith med Hayden Christensen, Samuel L. Jackson og Ian McDiarmid som deres respektive karakterer, der spiller over scenen.
Efter Anakins tur aktiverer Sidious ordre 66. Inhibitor-chips blev placeret i hver klonetrooper. Da ordre 66 erklæres, er de tvunget til at dræbe enhver jedi mod deres egen vilje. Når ordren er givet, angriber Rex og hans kloner Ahsoka.
Sejr og død
Med Rex' frie vilje genoprettet, forsøger de to at undslippe Republic Cruiser i seriefinalen med titlen "Victory and Death". Dette gøres mere kompliceret af Maul, der ødelægger skibets hyperdrev. Dette gør krydseren stort set ubrugelig, da den trækkes af en månes tyngdekraft.
Mens krydseren suser mod månens overflade, flygter Maul ved hjælp af en shuttle formentlig til Outer Rim, hvor han bliver kendt som Crimson Dawn som set i Solo: A Star Wars Story.
Rex og Ahsoka bruger en Y-Wing til at lande sikkert på månens overflade, da krydseren styrter ned og dræber alle klonerne ombord. De to begraver deres faldne kammerater, og Ahsoka efterlader sin lyssabel ved graven.
Afsnittet slutter med en bataljon af stormtropper, der undersøger ulykkesstedet, der nu er dækket af sne. Darth Vader er med dem. Vader finder Ahsokas lyssværd; den, han havde foræret hende i "Old Friends Not Forgotten", det niende afsnit af sidste sæson.
Filoni sagde til ABC News: "Jeg håber, at fans går meget tilfredse fra ét niveau, og jeg håber, at de går derfra med en større forståelse, især af Jedi og styrken, og hvad det hele betyder i denne historie. Det handler i virkeligheden om tegn til sidst."
After the Clone Wars
Ahsokas historie fortsætter efter serien. Romanen Ahsoka, skrevet af E. K. Johnston, følger Ahsokas rejse et år efter ordre 66 og fortæller, hvordan hun mødte Bail Organa, Leias adopterede far, og sluttede sig til oprøret.
Ahsoka optræder i de første to sæsoner af Star Wars Rebels, som finder sted 14 år efter The Clone Wars som oprørsagent. I løbet af anden sæson opdager Ahsoka sandheden om, at hendes tidligere mester, Anakin Skywalker, er Darth Vader. De to slås, og Ahsokas skæbne blev efterladt tvetydig. Men i sæson fire blev det afsløret, at Ahsoka blev reddet af Ezra, hovedpersonen i serien. Ahsoka lever for at se enden på imperiet.
Ahsoka havde en stemmekomo i The Rise of Skywalker og rygtes at optræde i anden sæson af The Mandalorian.
